Ngày 9 tháng 3 năm 1945, khi tình hình chiến tranh Thái Bình Dương thay đổi bất lợi, Nhật thay đổi chính sách và đảo chính Pháp, bắt giam các tướng lãnh và tước khí giới của quân đội Pháp ở Đông Dương.

Sau cuộc tập kích bất ngờ vào quân Pháp đêm 9-3-1945, vấn đề quan trọng nhất đối với quân Nhật là duy trì bằng được "trật tự và ổn định" nhằm tìm nguồn cung ứng vật chất tại chỗ cho gần 100.000 lính Nhật, cũng như để cung cấp cho việc phòng thủ nước Nhật trước đà tấn công của quân Đồng Minh. Tuy nhiên, đúng lúc đó, bộ máy hành chính thực dân mà Nhật kế thừa từ Pháp đã tan rã, vì thế việc thành lập bộ máy cai trị bản xứ đặt ra như một đòi hỏi cấp bách và Đế quốc Việt Nam ra đời trong bối cảnh đó[3].

Ngay từ đêm 8/3, quân Nhật Bản đã được phái đến canh giữ nghiêm ngặt nhà của các quan lớn trong triều Nguyễn. Họ giữ các quan này ở trong nhà để chờ lệnh từ chỉ huy Nhật. Theo lời kể của đại thần Phạm Quỳnh, quân Nhật đi tìm tất cả các quan trong Viện cơ mật và giam họ lại một chỗ. Đến sáng 9/3, khi đã đưa được Bảo Đại về kinh đô, quan Nhật là Yokoyama đưa cho họ 2 văn bản đã viết sẵn: Bản tuyên bố hủy bỏ các hiệp ước nhà Nguyễn đã ký với Pháp và Bản tuyên bố giải tán Viện cơ mật, tất cả nhằm dọn đường cho việc thành lập nội các Đế quốc Việt Nam. Yokoyama nói thẳng "tôi cho các vị 15 phút để suy nghĩ". Trong hoàn cảnh đó, các quan nhà Nguyễn không muốn ký cũng không được.[4]

Đạo dụ số 5 của Hoàng đế Bảo Đại ngày 17 tháng 4 năm 1945 chuẩn y Nội các mới, bao gồm phần lớn là những nhà trí thức, chuyên môn mà trước đó không nằm trong các đảng phái cách mạng chống Pháp.[5]

Bộ trưởng Vũ Ngọc Anh qua đời vì trúng đạn bởi máy bay Mỹ ngày 23 tháng 7. Ngày 5/8/1945, mới ra mắt được 4 tháng, 3 bộ trưởng trong Nội các xin từ nhiệm. Các bộ trưởng khác tuyên bố bất lực, bởi không thể làm được việc gì nếu không được cố vấn tối cao Nhật đồng ý. Trần Trọng Kim cố gắng liên hệ nhưng các nhân vật cấp tiến đều khước từ cộng tác, đến đầu tháng 8 chính Trần Trọng Kim cũng nói mình bị "tăng huyết áp" và không ra khỏi nhà.[6]

Theo tác giả Lê Mạnh Hùng, với an ninh, quốc phòng và kinh tế tài chánh đều nằm trong tay quân đội Nhật, tất cả những gì mà Chính phủ Trần Trọng Kim có thể đạt được trong việc giành lại chủ quyền cho Việt Nam thực tế là chỉ có tính cách biểu tượng. Tuy nhiên, trong tình huống Đông Dương vào năm cuối của Thế chiến thứ hai, biểu tượng đóng một vai trò rất quan trọng. Chương trình chính phủ theo lời nói của ông Hoàng Xuân Hãn là làm thay đổi tâm lý người Việt đến mức mà đất nước sẽ không thể trở lại tình trạng thuộc địa nữa một khi Thế chiến thứ hai chấm dứt.[5]